绿色工程建设中心面临的主要挑战包括技术标准化未形成共识、成本控制困难、高素质人才短缺，以及环保工程项目管理中存在的问题，如项目的技能水平低、信息化水平较低，许多先进技术尚未应用于实际工程建设中。此外，部分地区和部门在落实绿色发展理念时存在偏差，生态环境保护主体责任落实不到位，一些省份盲目上马"两高"项目，忽视生态环境保护要求。
解决方案方面，可以从以下几个方面着手：
强化碳中和治理，建立零碳城市和绿色建筑的系统化解决方案，包括碳汇网络、微气候、零碳交通、零碳市政和绿色建筑等维度的空间模型。
采用可持续建筑技术，如自动关闭HVAC系统以保持正确的温度和湿度，安装先进的软件和传感器监控通风系统。
鼓励开发商通过减少建筑材料的使用、降低能源消耗等方式获得绿色建筑认证。实施建筑脱碳策略，到2030年所有新建筑实现零运行碳和降低40％的隐含碳，到2050年所有新建筑和现有建筑物实现零运行碳和零隐含碳。
推广绿色建筑解决方案，如佐敦推出的绿色建筑解决方案，包括经过验证和记录的各种涂料，以获得宝贵的绿色建筑认证积分。
工程中心采取了较为复杂的组织结构，旨在通过建立相应的管理和科研制度与平台，有效保障中心各项工作的稳步开展。进一步地，从工程项目管理的角度来看，项目管理组织结构的形式有许多，包括职能式、项目式、矩阵式及复合式等。这些不同的组织结构模式适应不同的公司规模及项目需要。例如，矩阵式组织模式是由纵向管理部门和横向管理部门交叉形成的，这种模式下，职能部门负责专业人员调度和业务指导，而一次性工作班子的负责人对项目的具体执行负责。
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